Nama Kepala Madrasah SGHA s.d. MAN Yogyakarta I Beberapa Kepala Madrasah telah berganti memimpin sejak dari awal perjalanan madrasah ini (SGHA) sampai dengan MAN Yogyakarta I sekarang. Kepala madrasah tersebut sebagai berikut :
| NO | NAMA | KETERANGAN |
| 1 | M. Saketi | (SGHA) |
| 2 | M. Adnan | (SGHA) |
| 3 | M. Saketi | (PHIN) |
| 4 | Drs. H. Askuri | (PHIN) |
| 5 | Akhid Masduki, S.H. | (PHIN) |
| 6 | Drs. Khoirudin Ilyasi | (PHIN – MAN Yogyakarta I, tahun 1978 - 1983) |
| 7 | Drs.H.M. Sholeh Harun | (tahun 1983 - 1984) |
| 8 | Sutadji, B.A. | (tahun 1984 - 1989) |
| 9 | H.M. Syafi’ie , S.H. C.N. | (tahun 1989 - 1996) |
| 10 | Drs. Bedjo Santosa | (tahun 1996 - 1999) |
| 11 | Drs. Taslim | (tahun 1999 - 2004) |
| 12 | Drs.H. Muzilanto, M.Ag. | (tahun 2004 - 2010) |
| 13 | Drs. H. Imam Suja’i Fadly, M.Pd.I. | (tahun 2010 - 2015) |
| 14 | Drs. H. Suharto | (tahun 2015 - 2016) |
| 15 | Drs. H. Wiranto Prasetyahadi, M.Pd | (tahun 2016 - 2025) |
| 16 | Edi Triyanto, S.Ag., S.Pd., M.Pd. | (tahun 2025 - sekarang) |
