Sejarah MAN Yogyakarta I Perjalanan MAN Yogyakarta I dimulai pada tahun1950 ketika Departemen Agama mendirikan tiga sekolah SGAI (Sekolah Guru Agama Islam) putra dan putri serta SGHA (Sekolah Guru Hakim Agama) secara de facto. SGHA inilah yang dalam perjalannya merupakan titik awal MAN Yogyakarta I. Pendirian tiga sekolah di lingkungan Departemen Agama ini secara de jure dengan Surat Penetapan Menteri Agama No. 7 Tanggal 5 Februari 1951. Usia SGHA hanya berlangsung tiga tahun, pada tahun 1954 SGHA oleh Departemen Agama dialihfungsikan menjadi PHIN (Pendidikan Hakim Islam Negeri). Perubahan fungsi ini ditujukan guna menyiapkan dan membentuk hakim-hakim yang saat masa tersebut kebutuhannya sangat besar. Ketika proses penggodokan dan pengkaderan calon hakim telah memenuhi kebutuhan dan seiring kondisi nyata dimasyarakat calon hakim merupakan lulusan fakultas hukum suatu perguruan tinggi. Berpedoman kondisi itu Departemen Agama pada tanggal 16 maret 1978 mengalih fungsikan PHIN sebagai sekolah yang tidak mengkhususkan pada satu bidang yaitu berubah menjadi Madrasah Aliyah Negeri (MAN) Yogyakarta I. Berubahnya PHIN menjadi MAN Yogyakarta I yang secara kejenjangan merupakan sekolah setingkat dengan SMA (Sekolah Menegah Atas). MAN sebagai sekolah yang sederajat dengan SMA secara kelembagaan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan memberikan Surat Keputusan Nomor : 0489/U/1999 yang menyatakan bahwa MAN merupakan SMU berciri Agama Islam. Dengan dikeluarkannya SK Mendibud RI memberikan bukti nyata bahwa MAN Yogyakarta I dalam pembelajarannya menerapkan ketentuan dan ketetapan yang dijalankan oleh SMA pada umumnya dengan ciri khususnya Pendidikan Agama Islam mendapatkan preoritas yang lebih banyak dibanding dengan kurikulum yang diterapkan di lingkungan SMA. Seiring dengan perjalanan waktu dan berbagai perubahan kurikulum nasional untuk tingkat pendidikan menengah (SMA), MAN Yogyakarta I tetap mampu menunjukkan jati dirinya sebagai sekolah Agama Islam setingkat SMA yang dikelola Departemen Agama. Di tengah-tengah persaingan yang kompetetif dengan SMA, MAN Yogyakarta I merupakan idola terhadap dunia pendidikan Islam, dengan siswa peserta didik kurang lebih 30 % berasal dari luar D.I. Yogyakarta terutama yang berbasis pesantren dan lingkungan Agama Islamnya berakar kuat seperti Demak, Kudus, Pantura dll. Lulusan MAN Yogyakarta I telah banyak yang berhasil melanjutkan studi ke jenjang pendidikan tinggi baik Perguruan Tinggi Negeri (PTN) dan PTS (perguruan Tinggi Swasta) di dalam negeri ataupun di luar negeri seperti di Al Azhar (Mesir) dan Pakistan, Kuwait, dan lainnya. 

Berikut ini sejarah singkat MAN 1 Yogyakarta: